继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外...
继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
露西·劳莱丝,埃博妮·瓦戈兰斯,Rawiri Jobe,约瑟夫·纳瓦胡,艾瑞克·托马森,Albert Cho,Sia Trokenheim,Annie Duynhoven,Hayley Sproull,Kimberley Hill,Carly Binding
贾斯汀·哈特雷,罗宾·薇格特,Abby McEnany,埃里克·格里斯,菲奥娜·雷内
乔舒亚·杰克逊,唐·约翰逊,菲莉帕·苏,肖恩·蒂尔,安娜·麦克唐纳,曼森·特鲁布拉德,Michelle Núñez,Dominique Star,托尼·杨布拉德,克里斯廷·古德温,Bryan Scamman,Reasha Honaker,Sheri Effres,Michael Baydoun,Noah Fearnley,阿曼达·瑞,Julian Larach
扎恩·迈克拉农,凯欧瓦·高登,杰西卡·马滕,Deanna Allison,珍娜·艾夫曼,布鲁斯·格林伍德,劳尔·特鲁希洛,图南汀·卡梅罗,亚历克斯·梅拉兹,泰瑞·塞尔皮科,Derek Hinkey,菲尔·伯克,克里斯托弗·海尔达尔,A·马丁内斯
莎莉·布雷顿,克里斯·马歇尔,Zahra Ahmadi,迪兰·卢埃林,芭芭拉·弗林,费莉西蒂·蒙塔古,杰德·哈里森,Melina Sinadinou,Eva Feiler,Isaac Vincent-Norgate,阿玛莉亚·维塔莱,彼得·戴维森,凯文·毕晓普,Kem Hassan,亚当·弗格蒂,艾玛·菲尔丁,丹·伦顿·斯金纳,Paul Bradley,彼得·兰迪,Abi Clarke,Emily Lloyd-Saini,丹尼·韦伯,尼古拉斯·伍德森,马尔科姆·斯托里,卡罗琳·皮克尔斯,杰夫·劳勒,舒雅德
