继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
塔伦·埃哲顿,朱尼·斯莫利特,汉娜·艾米莉·安德森,Ntare Guma Mbaho Mwine ,卢克·勒斯勒尔,米什卡·特博,阿迪纳·波特,达科塔·道尔比,丹妮·阿尔瓦拉多,艾琳·卡普拉克,诺齐普霍·麦克莱恩,Maya Ford,Lou Ticzon,Victoria Morgan,Howie Lai,Sarah Leavi Cooper,科琳·惠勒,塔米·吉利斯,保拉·伯罗斯,玛丽埃萨·克罗斯
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李·佩斯,杰瑞德·哈里斯,卢洛·贝尔,皮鲁·埃斯贝克,特洛伊·科特苏尔,切莉·琼斯,布兰登·P·贝尔,劳拉·布林,泰伦斯·曼,金宝·张,阿尔弗雷德·伊诺奇,艾略特·科万,Sasha Behar,克拉克·彼得斯,卡罗莱娜·美恩,Antony Bunsee,布莱恩·博维尔,里斯·谢尔史密斯,Vanessa Ifediora,库珀·卡特,金·阿迪斯,乔格·尼可洛夫,阿卜杜勒·阿尔沙瑞夫
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Luz Aldán,安德烈斯·贝达,Erik Hayser,阿曼多·赫尔南德兹,阿德里安娜·卢维耶,曼努埃尔·马萨尔瓦,马里奥·莫兰,里贾纳·帕文,Ana Sofia Pomales,苏莉雅·韦加