继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
梅西·帕瑞格兰,齐科·扎基
布莱恩·泰里·亨利,瓦格纳·马拉,马琳·爱尔兰,阿米尔·阿里森,内斯塔·库珀,凯特·穆格鲁,文·瑞姆斯,威尔·普伦,阮春智,利兹·卡瑞贝尔,Idris Debrand,翘征,Phong Le,Emma Lewis,Jaba Keh,贾里德·约翰斯顿,加布里埃尔·埃伯特,卡茨·沃尔索尔,Tara Gadomski,查尔斯·哈尔福德
格伦·霍威尔,卡丹·韦尔·贝内特,Reginald Lashaun Clay,Mariel Suarez,布兰登基纳,莱利·内尔达姆,Kim Bonifay,Wesley River,Johnathan O'neil,德鲁·鲍威尔,Zavieh Harrell,Holden Morse,凯瑟琳·拉·纳莎,诺亚·怀尔,菲奥娜·道里夫,伊莎·布里昂斯,泰勒·克兰斯顿,特蕾西·伊芙艾策尔,Shabana Azeez,Supriya Ganesh
米歇尔·威廉姆斯,珍妮·斯蕾特,罗伯·德兰尼,杰伊·杜普拉斯,Tony Macht,扎克·罗比达斯,Tate Kenney,Eric Scott Ways,Sung Yoon,Julian Joseph,安娜贝尔·图米,尼基·博耶,张欣迪,朱利安·亚奥·焦耶洛,Drew Fonteiro,James Cribbins,Gene Thomas,马修·萨尔迪瓦,茜茜·斯派塞克,大卫·拉斯彻
裴淳华,丹尼尔·海尼,佐伊·罗宾斯,玛德琳·麦登,乔沙·斯特拉多夫斯基,马库斯·拉瑟福德,凯特·弗利特伍德,Helena Westerman,Michael Tuahine,迈克尔·麦克埃尔哈顿,约翰·迈尔斯,Naana Agyei Ampadu,Mandi Symonds,朱丽叶·霍兰德,克里斯托弗·西埃雷夫
迈克尔·伊斯坎德,史蒂芬·朗,奥德·菲尔,阿耶莱特·祖里尔,路易斯·费雷拉,马丁·福特,阿里·苏莱曼,雅莉·托珀尔·玛格丽斯,阿什拉夫·巴姆,伊桑·卡伊,Davood Ghadami,Nimo Hochenberg,Aury Alby,英迪·刘易斯,Bernardo Tuccillo,Darien Martin