继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
伊万·麦克格雷格,查理·布尔曼
梅兰妮·斯科洛凡诺,格伦·古尔德,史蒂文·奥格,大卫·詹姆斯·艾略特,Romy Weltman,CM朋克,Andy McQueen,Jimmy MacKinley,Amy Rivard
艾伦·图代克
乔·曼特纳,帕姬·布鲁斯特,A·J·库克,伯克·弗洛伊德,Adriana Fricke,埃美·加西亚,扎克·吉尔福德,瑞安-詹姆斯·畑中,Dennis Mencia,埃迪·米尔斯,妮可·帕森特,Tyler Ham Pong,亚当·罗德里格兹,Josh Server,爱莎·泰勒,Eric Scott Alperin,Cortés Alexander,克斯汀·范奈丝
亚历山大·斯卡斯加德,Jennifer Sendaula,Maroc Rey,大卫·达斯马齐连,萨布丽娜·吴,塔蒂娜·琼斯,塔玛拉·波戴米斯基,乔什·克鲁达斯,阿克夏伊·卡纳,肖恩·达利,Kayla Mirage,诺玛·杜梅温尼,Negin Kamali
塔伦·埃哲顿,朱尼·斯莫利特,汉娜·艾米莉·安德森,Ntare Guma Mbaho Mwine ,卢克·勒斯勒尔,米什卡·特博,阿迪纳·波特,达科塔·道尔比,丹妮·阿尔瓦拉多,艾琳·卡普拉克,诺齐普霍·麦克莱恩,Maya Ford,Lou Ticzon,Victoria Morgan,Howie Lai,Sarah Leavi Cooper,科琳·惠勒,塔米·吉利斯,保拉·伯罗斯,玛丽埃萨·克罗斯