继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
帕特里克·杜菲,阿兰·弗吉,贝琳达·蒙哥玛丽,琼·玛丽·霍恩,维克多·布鲁诺
汤姆·哈迪,皮尔斯·布鲁斯南,海伦·米伦,琼安·弗洛加特,帕迪·康斯戴恩,劳拉·普沃,曼蒂普·迪伦,亚历克斯·芬恩,丹尼尔·贝茨,丽莎·德万,杰夫·贝尔,贾思敏·乔布森,艾米莉·巴伯,安森·布恩,德里坦·卡斯特拉蒂,詹姆斯·费舍尔,Bradley Turner,Ellen Costa,Daniel De Bourg,Prince Marfo
摩里斯·切斯塔特,伊芙·哈洛,因加·施林曼,Tommy O'Brien,香农·贝里,Alessandro Pekin,Jean Zarzour,莱斯莉·米尔扎,Anita Alfke,Julia Koon,Camila Canó-Flaviá,Bethany Brown,Lauren Attadia,Ciara Mandel,Arash Ghorbani,彼得·马克·肯德尔,里特奇·科斯特,罗谢尔·阿耶斯,菲尔·纳多兹
劳伦·科汉,约翰·塞纳迭姆博,盖乌斯·查尔斯,丽莎·埃默里,凯尔·吉克瑞斯特,泽利科·伊万内克,克里斯托弗·C·詹姆斯,波亚·穆赫辛尼,杰弗里·迪恩·摩根,Mahina Napoleon,达丝莎·坡兰科,克里斯·西尔科克,杰克·威利,薇拉·博尔德
艾洛蒂·袁
黄文永,洪慧芳,张水发,李海杰,林梅娇,谢韶光,陈安娜