继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
梅西·帕瑞格兰,齐科·扎基
布莱恩·泰里·亨利,瓦格纳·马拉,马琳·爱尔兰,阿米尔·阿里森,内斯塔·库珀,凯特·穆格鲁,文·瑞姆斯,威尔·普伦,阮春智,利兹·卡瑞贝尔,Idris Debrand,翘征,Phong Le,Emma Lewis,Jaba Keh,贾里德·约翰斯顿,加布里埃尔·埃伯特,卡茨·沃尔索尔,Tara Gadomski,查尔斯·哈尔福德
格伦·霍威尔,卡丹·韦尔·贝内特,Reginald Lashaun Clay,Mariel Suarez,布兰登基纳,莱利·内尔达姆,Kim Bonifay,Wesley River,Johnathan O'neil,德鲁·鲍威尔,Zavieh Harrell,Holden Morse,凯瑟琳·拉·纳莎,诺亚·怀尔,菲奥娜·道里夫,伊莎·布里昂斯,泰勒·克兰斯顿,特蕾西·伊芙艾策尔,Shabana Azeez,Supriya Ganesh
古古·姆巴塔-劳,奥利弗·杰森-科恩,芙蕾达·平托,Nathalie Barclay,加文·德里,菲尔·邓斯特,塔拉·菲茨杰拉德,鲁珀特·格雷夫斯,乔莉·理查德森,尼娜·索珊娅,Mark Farrow,内森·霍尔,Moziah Pinder
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约翰·古德曼,劳丽·梅特卡夫,莎拉·吉尔伯特,艾丽西亚·格兰逊