晴朗时节，江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了...
晴朗时节，江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰上的绝密情报。
为了找出隐藏的对手，柯南和灰原哀（林原惠美 配音）、阿笠博士（绪方贤一 配音）、服部平次（堀川亮 配音）以及远山和叶（宫村优子 配音）通力合作，与间谍展开连番斗智斗勇的较量……
梶裕贵,石川由依,井上麻里奈,神谷浩史
小林裕介,本渡枫,内山夕实,佐佐木李子
梅田修一朗,小林千晃,堀江瞬,阿座上洋平,小野贤章,竹内良太,杉田智和,津田健次郎,岩崎谅太,河西健吾,户谷菊之介,杉山纪彰,梅原裕一郎,大野智敬,前田雄,乃村健次,定冈小百合,夏吉优子
伊濑茉莉也,伊藤美来,小山力也,东山奈央,小野大辅,村濑步,松本和香子,绪方惠美,小野贤章,井上喜久子,绿川光,斧笃,间宫康弘,稻田彻,大塚芳忠,水树奈奈,久保由利香,平田广明,高木涉,山口胜平
冲田浩之,勝生真沙子,阪修,大塚周夫
