E.U.联盟和布里塔利亚帝国旷日持久的战争在皇历2010年发生转机,帝国派出压倒性的兵力突袭远东日。在很短的时间内,日本这个国家不复存在,从此作为“11区”写入历史。旧日本人民流往世界各地,饱受歧视,心中满是愤懑和不甘。2017年,E.U.联军132部队向圣彼得堡挺进,但遭到帝国军队的围困,面临全军覆没的危险。联军少校蕾拉·玛露卡尔(坂本真绫 配音)将旧日本青年组成非正规军W Zero部队,并提出以这支部队营救132部队的建议。但是在最为凶险的前线,他们不过肩负着牺牲自己来营救友军的悲哀命运。惨烈的对决过后,W Zero部队的中尉日向瑛斗(入野自由 配音)成功完成任务。
而战争还远远未曾结束,新的阴谋与危机浮出水面……
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