在第二次新吉恩战争、别名“夏亚的叛乱”终结后，地球圈取得了短暂的和平。
这之后3年，宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。内容为－－被认为是地球联邦政府暗中操控的“比斯特财团”将把最高机密“拉普拉斯之箱”交给新吉恩的残党军“袖付”。
另一方面，在安纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·本的少女（实为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎比之女，美耐巴·扎比）奥黛丽为了制止新的战争爆发，必须组织“拉普拉斯之箱”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后，逐渐被她所吸引。
随后，地球联邦察觉了这起交易，并进行军事介入，工业殖民地随即化为一片火海。巴纳吉和同伴一边避难一边寻找着奥黛丽，而出现在他面前的是比斯特财团的当家卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯将出生的秘密告诉了巴纳吉，并且将箱之钥匙－－“机动战士高达独角兽”托付给他。
随后，一场围绕“拉普拉斯之箱”的战争开始了……
高山南 , 山崎和佳奈 , 神谷明 , 小山力也 , 林原惠美 , 山口胜平 , 田中秀幸 , 岛本须美 , 绪方贤一 , 堀川亮 , 松井菜樱子 , 宫村优子 , 岩居由希子 , 大谷育江 , 高木涉 , 高岛雅罗 , 堀之纪 , 立木文彦 , 小山茉美 , 三石琴乃 , 置鲇龙太郎 , 日高法子 , 池田秀一 , 古谷彻
高山南 , 山崎和佳奈 , 神谷明 , 小山力也 , 林原惠美
上田祐司,名冢佳织,前田刚,竹本英史,矢部雅史,内藤玲,佐藤成美,小野贤章
井上穗乃花,中村绫,松本保典,宫濑尚也,宫本侑芽
悠木碧,本渡枫,千本木彩花,田中美海,原田彩枫,沼仓爱美,和气杏未,杉山里穗,小仓唯,田村由香里
梶原岳人,小林裕介,中井和哉,铃村健一,上条沙惠子,市道真央,悠木碧,八代拓,阪口大助,楠大典,兴津和幸,日野聪,宝龟克寿,土师孝也,鸟海浩辅,小西克幸,长岛雄一,小野大辅,古川慎,坂田将吾,Lynn,河西健吾,大原沙耶香,金元寿子,宫野真守,前野智昭,赤尾光,坂本真绫,内山夕实,钉宫理惠,松冈祯丞,乃村健次,千叶进步,岛袋美由利,大久保瑠美,小林亲弘,青山穰,安元洋贵,日笠阳子,关智一,津田健次郎,樱井孝宏,朝井彩加,小野友树,伊藤健太郎,速水奖