外宇宙から現れた謎の光が地球に向けて進んでいく。その光球飛行物体が通り過ぎていった各惑星の前線基地からの通信が次々と途絶し、さらに光球飛行物体は急速に地球に接近、地球側も迎撃ミサイルで応戦するも効果はなく、地球上に悠然と降り立ったそれは、超大型ミサイルであった。そして後から地球に押し寄せて来た大艦隊の奇襲攻撃に地球艦隊は為すべも無く壊滅し、地球は瞬く間に制圧されるccc
暗黒星団帝国はヤマトの在処を示せと要求、超大型ミサイルは重核子爆弾で、地球の中間子質量を破壊し、人類の脳細胞を一挙に死滅させることが出来ると脅してくる。
古代達ヤマトの乗組員達は、英雄の丘に集結、森雪のもたらした地球防衛軍長官からの極秘命令を受け小惑星イカルスへと向かう。しかし森雪は途中で負傷し、一人だけ地球に取り残されることになる。地球から決死の脱出を果たした一行がイカロスに着くと、そこにはヤマトが隠されていた。
ヤマトの乗組員たちは、重核子爆弾の起爆コントロールが敵母星であることを突き止め、爆発を阻止するために40万光年の航海に旅立つ。
高山南 , 山崎和佳奈 , 神谷明 , 小山力也 , 林原惠美 , 山口胜平 , 田中秀幸 , 岛本须美 , 绪方贤一 , 堀川亮 , 松井菜樱子 , 宫村优子 , 岩居由希子 , 大谷育江 , 高木涉 , 高岛雅罗 , 堀之纪 , 立木文彦 , 小山茉美 , 三石琴乃 , 置鲇龙太郎 , 日高法子 , 池田秀一 , 古谷彻
高山南 , 山崎和佳奈 , 神谷明 , 小山力也 , 林原惠美
川口莉奈,铃木崚汰,天崎滉平,石川界人,楠木灯,小松未可子,高桥李依,小原好美,松冈祯丞
田村睦心 Mutsumi Tamura,种崎敦美,小西克幸,梅澤めぐ,钉宫理惠,杉田智和
松冈美里,高桥未奈美,高森奈津美
知念英和,日野友辅,宫部望美,塚本高史,千岁真知,泷泽谅,川崎帆帆花,古贺瑠