外宇宙から現れた謎の光が地球に向けて進んでいく。その光球飛行物体が通り過ぎていった各惑星の前線基地からの通信が次々と途絶し、さらに光球飛行物体は急速に地球に接近、地球側も迎撃ミサイルで応戦するも効果はなく、地球上に悠然と降り立ったそれは、超大型ミサイルであった。そして後から地球に押し寄せて来た大艦隊の奇襲攻撃に地球艦隊は為すべも無く壊滅し、地球は瞬く間に制圧されるccc
暗黒星団帝国はヤマトの在処を示せと要求、超大型ミサイルは重核子爆弾で、地球の中間子質量を破壊し、人類の脳細胞を一挙に死滅させることが出来ると脅してくる。
古代達ヤマトの乗組員達は、英雄の丘に集結、森雪のもたらした地球防衛軍長官からの極秘命令を受け小惑星イカルスへと向かう。しかし森雪は途中で負傷し、一人だけ地球に取り残されることになる。地球から決死の脱出を果たした一行がイカロスに着くと、そこにはヤマトが隠されていた。
ヤマトの乗組員たちは、重核子爆弾の起爆コントロールが敵母星であることを突き止め、爆発を阻止するために40万光年の航海に旅立つ。
梶裕贵,野宫一范,八代拓 Taku Yashiro,中泽匡智 Masatomo Nakazawa,野宫一范 Kazunori Nomiya,本桥大辅 Motohashi Daisuke
藤冈真威人,加藤小夏,菊地姬奈,片田阳依,上原あまね,丈太郎,大原优乃,橘春轨,三原羽衣,宫野真守,映美藏良,的场浩司,中山忍,菅原大吉
中村栞奈,石川界人
铃木崚汰,上坂堇,本渡枫,若山诗音,水树奈奈,安济知佳,岛田敏
逢坂良太,铃木崚汰,谷江玲音,坂泰斗,鬼头明里,高野洸,绫坂晴名,榊原优希,杉田智和,光富崇雄,日向朔公,森奈奈子,堀江瞬,岩崎谅太,福山润,苍井翔太,前野智昭,森永千才,柳原哲也
竹达彩奈,中村悠一,花泽香菜,生天目仁美,佐藤聪美,早见沙织,田村由香里