故事发生在遥远的未来,肆虐的异生兽给人类的安全带来了巨大的困扰,为了抵挡异兽的进攻,日本政府成立了防卫组织TLT,其中,夜袭队拥有着最强大的实力和最强劲的武器,是整个组织内部的中坚力量。
然而,面对经过了进化的新型异生兽,夜袭队亦束手无策,在这个节骨眼上,光之巨人奈克瑟斯奥特曼和它的适能者姫矢准(桐岛优介 饰)出现了。在奈克瑟斯奥特曼创造出的美塔领域中,奥特曼和异兽之间展开了激烈的斗争。孤门一辉(川久保拓司 饰)是TLT里的新进成员,当他目睹了奈克瑟斯奥特曼强大的力量后,开始对奥特曼的起源和姬矢准的神秘过往产生了兴趣。
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