千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现……
立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤声…
那是在〝沉眠之茧〞中沉睡了千年，可帮助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，如果遇到拥有纯真心灵的伙伴便会苏醒。为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉祈的伙伴，果然，基拉祈从万花镜般的光芒中苏醒过来。
虽然基拉祈只能停留短暂的七日就会再消失，但是头一次拥有属于自己的神奇宝贝的小胜，对基拉祈却非常宠爱。充满野心的魔术师巴特勒，因为知道基拉祈具有神奇的力量，便把基拉祈给抢走，并且想利用他来完成愿望。
不怀好意的巴特勒，他的愿望是什么呢？小智与小胜要如何克服困难，成功救出同伴呢？小胜与基拉祈又会面临怎样的生离死别呢？
小松未可子,丰崎爱生,石川由依,川原庆久,入野自由,七濑彩夏,田所梓,和久井优,子安武人,浅野真弓,大桥贤一郎,猪股慧士,林鼓子,福岛晴菜,天麻优希,宫崎游,铃木崚汰,山本和臣,水内清光,后藤邑子,土门仁,福山润,金子诚,高坂笃志,大塚芳忠
诹访部顺一,稻垣好,白石兼斗,内田真礼
水中雅章,上田丽奈,川岛零士,芹泽优,木村昴,中岛良树,安元洋贵,竹内良太,宫寺智子,兴津和幸,种崎敦美,鹤冈聪,中博史,森川智之,玄田哲章,千叶繁
中村悠一,大河元气,藤井雪代,藤田茜,村濑步,武内骏辅,种崎敦美,丰崎爱生,梶田隆基
根本京里,濑户麻沙美,宫本侑芽,林咲纪,山田美铃
熊谷俊辉,楠木灯,前田佳织里,高尾奏音,井上喜久子,佐佐木李子,川田绅司,西村知道,关根明良