千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现……
立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤声…
那是在〝沉眠之茧〞中沉睡了千年，可帮助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，如果遇到拥有纯真心灵的伙伴便会苏醒。为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉祈的伙伴，果然，基拉祈从万花镜般的光芒中苏醒过来。
虽然基拉祈只能停留短暂的七日就会再消失，但是头一次拥有属于自己的神奇宝贝的小胜，对基拉祈却非常宠爱。充满野心的魔术师巴特勒，因为知道基拉祈具有神奇的力量，便把基拉祈给抢走，并且想利用他来完成愿望。
不怀好意的巴特勒，他的愿望是什么呢？小智与小胜要如何克服困难，成功救出同伴呢？小胜与基拉祈又会面临怎样的生离死别呢？
潘惠美,加隈亚衣
花守由美里,田丸笃志,近藤隆,神原大地,永野由祐,高桥广树,铃木千寻,寺岛拓笃,浅沼晋太郎,日野聪,冈本信彦,伊东健人,河本启佑,杉山纪彰,仲村水希,立花慎之介,天崎滉平,三浦胜之,土岐隼一,森川智之,帆世雄一,村濑步
诹访部顺一,本渡枫,久野美咲,富田美忧,福山润,深町寿成 Fukamachi Toshinaring,村井雄治
龟冈孝洋,花泽香菜,关智一,大桥彩香,津田健次郎
山下诚一郎,宫本侑芽,伊藤静,土田玲央,大地叶,和多田美咲,德井青空,利根健太朗,小野贤章,三木真一郎