以成为神奇宝贝大师为目标,小智(松本梨香 配音)、小刚(うえだゆうじ 配音)和小光(豊口めぐみ 配音)带着各自的神奇宝贝在世界各地进行艰苦的修业之旅,今天他们历经长途跋涉终于来到了风景秀美的米琪亚镇。在当地一对小兄妹的介绍下,小智一行前往神殿遗址游玩。谁知却遭遇了极其危险的情况。关键时刻,掌管时间的迪亚鲁加和守卫神殿的西娜(北乃きい 配音)、凯宾(岸祐二 配音)帮助了他们,能与神奇宝贝心灵沟通的西娜还熄灭了冥王龙的怒火。从西娜口中得知,创造了世界的神奇宝贝即将苏醒,它不仅会使时空扭曲错乱,还将为世界带来毁灭性的灾难…… 本片为神奇宝贝系列第十二部电影剧场版。
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