以成为神奇宝贝大师为目标，小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音）带着各自的神奇宝贝在世界各地进行艰苦的修业之旅，今天他们历经长途跋涉终于来到了风景秀美的米琪亚镇。在当地一对小兄妹的介绍下，小智一行前往神殿遗址游玩。谁知却遭遇了极其危险的情况。关键时刻，掌管时间的迪亚鲁加和守卫神殿的西娜（北乃きい 配音）、凯宾（岸祐二 配音）帮助了他们，能与神奇宝贝心灵沟通的西娜还熄灭了冥王龙的怒火。从西娜口中得知，创造了世界的神奇宝贝即将苏醒，它不仅会使时空扭曲错乱，还将为世界带来毁灭性的灾难…… 本片为神奇宝贝系列第十二部电影剧场版。
阿部菜摘子,桜木つぐみ,若山诗音,村上真夏,久野美咲,岛袋美由利
八代拓,上田丽奈,早见沙织,白熊宽嗣,近藤唯
内田真礼,佐仓绫音,名冢佳织,种崎敦美
龟冈孝洋,花泽香菜,关智一,大桥彩香,津田健次郎
井内悠阳,叶山侑树,铃木美羽,斋藤璃佑,相马理,松本梨香,诹访部顺一,水树奈奈,诸星堇
宫野真守,神谷明