柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。
柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
本村玲奈 Rena Motomura,滨野大辉,田中美海,木村良平,日笠阳子,大原沙耶香,柿原彻也,小林龙之,相坂优歌
会泽纱弥,生天目仁美,诹访部顺一,坂田将吾,中岛良树,木村良平,中村栞奈,种崎敦美,榊原优希,日笠阳子,市道真央,直田姬奈,土岐隼一,茅野爱衣
佐藤元,雨宫天,花守由美里,户松遥,喜多村英梨,伊藤静,大空直美,和气杏未,小野贤章,吉野裕行,泽城美雪,佐藤利奈,内田真礼
浦和希,神谷浩史,西山宏太朗,石见舞菜香,坂田将吾,花江夏树,三浦魁,爱美,木村良平,岸尾大辅,伊濑茉莉也,小山刚志,增谷康纪,绪方惠美
间宫胡桃,上田丽奈,小原好美,永濑安奈
早见沙织,土屋神叶,青山吉能,细谷佳正