市立见泷原中学,又迎来平静祥和的一天。就读于二年级的女孩鹿目圆(悠木碧 配音)和朋友美树沙耶加(喜多村英梨 配音)、志筑仁美(新谷良子 配音)尽情讨论恋爱的话题,享受少女的快乐青春。这时班上转来了名叫晓美焰(斋藤千和 配音)的新生,这个带着些许神秘气质的女孩让小圆颇感疑惑。与沙耶加下学回家路上,小圆听到呼救声,声音来自一只浑身伤痕累累的未知生物,而追杀它的正是晓美焰。危急时刻,她们得到同为见泷原中学学生的魔法少女巴麻美(水桥香织 配音)的帮助,进而得知那只名叫丘比的生物有能够帮助人变成魔法少女的能力。少女们无意间开启了通往另一个世界的大门……
本片为魔法少女的剧场版,分三部上映,由TV版12话重新编集而成。
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