故事发生在二十一世纪初叶,全球气候持续变暖,融化的冰山淹没了大部分陆地,与此同时,名为“雾之舰队”的战舰群从天而降占领了海域,人类的生存空间逐渐遭到蚕食。千早群像(兴津和幸 配音)是一名士官候补生,某日,一艘名为“伊401”的潜水艇出现在了她的面前。就这样,群像成为了潜水艇的驾驶员。
皮肤黝黑大大咧咧的橿原杏平(宫下荣治 配音)、温婉可人足智多谋的八月一日静香(东山奈央 配音)、带着面具十分神秘的织部僧(松本忍 配音),活泼可爱身手敏捷的四月一日伊织(津田美波 配音),一群怀抱着拯救人类之重大理想的战友们聚集到了潜水艇之中,为了夺回本该属于人类的领地和敌人展开了激烈的战斗。
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