在太一一行人告别数码世界后,数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门,而数码世界的内部却没有太平多少时日,就又开始了纷争。
数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生,没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战,只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅(木内玲子 配音)、井之上京(夏树莉绪 配音)、火田伊织(夏树惠 配音)等人,和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等,还有新的数码宝贝参与。于是,在第一代数码人的带领下,新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
梶裕贵,野宫一范,八代拓 Taku Yashiro,中泽匡智 Masatomo Nakazawa,野宫一范 Kazunori Nomiya,本桥大辅 Motohashi Daisuke
高山南,山崎和佳奈,小山力也,山口胜平,堀川亮,宫村优子,绪方贤一,林原惠美,大谷育江,高木涉,石井康嗣
森田成一,小西克幸,下野纮,佐藤拓也,日高里菜,小原好美,伊藤彩沙,和久井优,福沙奈恵,安济知佳
七海弘希,内田真礼,丰崎爱生,木村良平,齐藤壮马,高田忧希,黑泽朋世,松冈祯丞,羽多野涉,伊藤静,乃村健次,稻田彻,高垣彩阳,铃木爱奈,津田健次郎,野上尤加奈,东地宏树
伊藤美来,岛崎信长,水濑祈,河西健吾,森久保祥太郎,花井美春,泽城千春,子安武人,相马康一,龟山雄慈