神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此结束。
在危急时刻，葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护碇真嗣与明日香，以及防备SEELE 对初号机与二号机的物理接触。
出于对碇元度的憎恨，赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，她能否成功？长期与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，而酝酿了的“人类补完计划”能否实现？尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答。
小樱悦子,春海百乃,加濑康之,梶原岳人,日比优理香,木内秀信,熊谷健太郎,藤井雪代,高桥花林,小西克幸
石川由依,本渡枫,佐藤拓也,天崎滉平,立花慎之介,德井青空,成田剑,中村栞奈,内田秀,兴津和幸,伊藤美纪,大谷育江,大桥贤一郎,伊藤健太郎,大原沙耶香,村上裕哉,村上奈津实,铃木爱奈,诹访奈奈香,东地宏树,坂本真绫
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